境外投资备案程序一般境外投资备案申请流程主要分为以下几个环节：
向发改委立项申请：填写《境外投资备案表》，加盖印章后，连同企业营业执照复印件向发改部门及委会部门申请项目，报送项目信息。
发改委核准或备案：发改部门对提交的材料进行审核，如材料齐全且符合要求，将予以受理。对于投资主体直接开展的非敏感类项目，实行备案管理。投资主体是中央管理企业的，备案机关是国家发展改革委；投资主体是地方企业，且中方投资额 3 亿美元及以上的，备案机关是国家发展改革委；投资主体是地方企业，且中方投资额 3 亿美元以下的，备案机关是投资主体注册地的省级政府发展改革部门。
向商务部审批申请发证：商务部门核准或备案，发放《企业境外投资证书》，企业应在收到证书后 2 年内在境外开展投资。中央企业由商务部对外投资和经济合作司备案，地方企业由各地方商务主管部门备案。备案时需提交境外投资备案表、企业营业执照复印件、有关补充材料等。
向外汇管理局申请备案：银行放外汇，外管局监管。企业凭《企业境外投资证书》等材料到外汇管理局办理外汇登记手续，终取得《境外直接投资外汇登记证》。
对于投资金额比较少、规模小的项目一般在投资企业当地的部门进行审批；涉投资金额多、规模大或者说涉及限制类的，需要到上一级甚至别的商务部和发改委进行核准。
地方企业涉及敏感国家和地区、敏感行业的境外投资应按照《商务部办公厅关于做好国内企业在境外投资开办企业 (金融企业除外) 核准初审取消后相关工作的通知》文件要求，直接将材料报商务部办理核准手续。同时为推进便利化，地方企业获得商务部核准后，径向省级商务主管部门领取《企业境外投资证书》。敏感类项目包括涉及敏感国家和地区的项目以及涉及敏感行业的项目。敏感国家和地区包括与我国未建交的国家和地区、发生战争内乱的国家和地区、根据我国缔结或参加的国际条约协定等需要限制企业对其投资的国家和地区以及其他敏感国家和地区。敏感行业包括武器装备的研制生产维修、跨境水资源开发利用、新闻传媒以及房地产、酒店、影城、娱乐业、体育俱乐部、在境外设立无具体实业项目的股权投资基金或投资平台等。